Fra 1951 til 1992 var det igjen skoledrift i Falstadbygningen. I denne perioden hadde skolen flere ulike navn.
I 1951 åpnet Ekne offentlige barneskole for evneveike. Det var en internatskole for barn fra hele landet. De fleste elevene kom fra Sør-Trøndelag eller Møre og Romsdal. Et prøvekurs avgjorde hvilke barn som ble tatt opp ved skolen. I mai 1951 startet undervisningen for 80 elever i murbygningen.
En egen yrkesskoleavdeling for 40 elever hadde lokaler på Falstad nedre («Øvergården»). Yrkesskoleelevene var gutter i alderen 16–18 år. Målet med undervisningen var å gi de «evneveike» elevene så gode teoretiske kunnskaper som mulig.
I 1960 skiftet skolen navn til Ekne barneskole for evneveike. Samme år ble Ekne offentlige framhalds- og yrkesskole for gutter åpnet som en egen selvstendig skole. Barneskolen disponerte murbygningen, mens framhalds- og yrkesskolen hadde sine lokaler på Falstad nedre («Øvergården»).
I 1976 ble navnet igjen forandret, denne gang til Eknetun skole. Barneskolen ble nedlagt i 1982, mens den videregående skolen eksisterte frem til 1992. Deler av den spesialpedagogiske virksomheten fortsatte i samarbeid med Røstad skole under navnet Ekne kompetansesenter og senere på Levanger under navnet Trøndelag kompetansesenter.