Bygningen som i dag huser Falstadsenteret har en historie som går helt tilbake til første halvdel av 1920-tallet.
Falstad Opdragelsesanstalt for vanartede Guttebørn ble stiftet i 1895. Anstaltens uttalte formål var ved «en kristelig Aand ledet Opdragelse at uddanne saadanne Gutter til hæderlige og nyttige medlemmer af Samfundet». Falstad skolehjem ble formelt nedlagt i 1949.
Det tyske sikkerhetspolitiet etablerte SS-Strafgefangenenlager Falstad som fangeleir for politiske fanger høsten 1941. Mer enn 4 200 fanger satt i fangenskap her under 2. verdenskrig.
Falstad var en brikke i det politiske etterkrigsoppgjøret med nazistene. Fra 1945 til 1949 var de innsatte NS-folk, frontkjempere og andre som var mistenkte og dømte for å ha støttet nazistene.
I 1951 åpnet Ekne offentlige barneskole for evneveike. Det var en internatskole for barn fra hele landet. De fleste elevene kom fra Sør-Trøndelag eller Møre og Romsdal. Et prøvekurs avgjorde hvilke barn som ble tatt opp ved skolen.
I perioden 1942–43 ble over 200 fanger henrettet og lagt i massegraver i Falstadskogen. Etter krigen ble gravene gravd opp. Det er grunn til å anta at det fremdeles er graver i skogen som ikke er funnet.
Stiftelsen Falstadsenteret ble etablert i august 2000 som «nasjonalt opplærings- og dokumentasjonssenter for krigens fangehistorie, humanitær folkerett og menneskerettigheter».